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Shopify Paymentsとは？手数料・設定・メリット・デメリットを徹底解説【2026年版】

更新日: 2026-10-22

はじめに
Shopify Paymentsとは？
1. 対応している決済方法
Shopify Paymentsの手数料（プラン別比較）
1. 入金サイクル
Shopify Paymentsのメリット
Shopify Paymentsのデメリット・注意点
設定方法（ステップ別ガイド）
サードパーティ決済との比較・使い分け
1. こんなストアにShopify Paymentsがおすすめ
まとめ

Shopify Paymentsは、Shopifyが自社で提供するクレジットカード決済サービスです。外部の決済代行会社と個別契約せずに、管理画面から数ステップで導入できる手軽さが特徴で、現在多くのShopifyストアで標準的に活用されています。本記事では、Shopify Paymentsの手数料・対応決済方法・メリット・デメリット・設定手順を体系的に解説します。

はじめに

Shopifyでネットショップを開設する際、最初に直面するのが「どの決済サービスを使うか」という選択です。Shopifyは外部の決済代行サービス（StripeやGMO系など）と連携できますが、独自のShopify Paymentsを利用することで、管理の一元化や追加取引手数料の回避といったメリットが得られます。

特に、Shopify初心者やスモールスタートのEC事業者にとって、Shopify Paymentsは「最初の選択肢」として検討する価値があります。

Shopify Paymentsとは？

Shopify Paymentsとは、Shopifyが提供する組み込み型の決済プロセッサーです。通常、クレジットカード決済を導入するには外部の決済代行会社との審査・契約が必要ですが、Shopify Paymentsはショップ開設時に一緒に設定でき、追加審査なしで利用を開始できます。

対応している決済方法

Shopify Paymentsが対応する主な決済方法は以下のとおりです。

カテゴリ	対応サービス
クレジットカード	Visa、Mastercard、JCB、American Express（Amex）
スマホ決済	Apple Pay、Google Pay
その他	Shop Pay

※なお、Amazon PayやPayPalはShopify Paymentsとは別の外部決済サービス（サードパーティ決済）として、別途連携設定を行うことで併用可能です。

Shopify Paymentsを有効にすることで、主要なクレジットカードブランドとキャッシュレス決済を一括でカバーできます。

出典: Shopify日本公式ブログ | Shopifyペイメントとは？

Shopify Paymentsの手数料（プラン別比較）

Shopify Paymentsの手数料はShopifyの契約プランによって異なります。プランが上がるほど決済手数料が下がる仕組みです。初期費用・振込手数料はすべて無料です。

プラン名	月額料金（月払い参考）	国内カード(Visa/Mastercard)	JCB / Amex / 海外発行カード
ベーシック	4,850円 ($39前後)	3.55%	3.80% 〜 4.15%
グロース	13,500円 ($105前後)	3.40%	3.80% 〜 4.10%
アドバンスト	58,500円 ($399前後)	3.25%	3.80% 〜 4.05%
Shopify Plus	$2,300〜	カスタム要問合せ	カスタム要問合せ

※月額料金および決済手数料は最新のShopify料金体系（日本円定額/ドル建て表記）に準拠しています。

入金サイクル

Shopify Paymentsの入金サイクルは最短5営業日です。週次または月次を選択でき、資金繰りを計画しやすい点が特徴です。

Shopify Paymentsのメリット

1. 追加の取引手数料が発生しない

Shopifyで外部決済サービスを使う場合、月額プラン費用とは別に「外部決済取引手数料」がかかります。この手数料率はプランによって異なり、ベーシックプランは2.0%、グロースプランは1.0%、アドバンストプランは0.5%です。 Shopify Paymentsを利用することでこの追加手数料が免除されるため、月商が大きくなるほどコスト差が開きます。

2. 管理が一元化される

売上・決済・返金などの情報をShopify管理画面だけで確認・操作できます。複数のダッシュボードを行き来する手間がなく、オペレーションを効率化できます。

3. 導入がスムーズ

ストアの開設と同時に設定でき、別サービスへの申込みや独立した審査手続きが不要です。銀行口座の登録など必要事項を入力するだけで、数ステップで有効化できます。

4. 豊富な決済方法に対応

Apple Pay・Google Pay・Shop Payのようなスマホ決済もまとめて対応できます。特にモバイルからの購入が多い場合、チェックアウトの離脱率を下げる効果が期待できます。

5. 不正検知機能が標準搭載

Shopify Paymentsには不正なカード利用を自動検知する機能が備わっており、フィッシングや不正決済によるチャージバックリスクを軽減できます。

Shopify Paymentsのデメリット・注意点

1. 業種・商材によっては利用不可

Shopify Paymentsは利用規約で禁止されている業種・商材があります。例えば、電子タバコ、特定の薬品、ギャンブル関連、成人向けコンテンツなどが対象です。事前に利用規約を確認することが必須です。

2. アカウント保留リスク

不審な取引や利用規約違反が疑われると、Shopifyがアカウントを一時保留にするケースがあります。これは売上の入金が止まることを意味するため、利用規約の遵守と取引履歴の適切な管理が重要です。

3. 海外カードは手数料が高め

海外発行カードやAmerican Expressの手数料は国内カードより0.35〜0.5%程度高く設定されています。海外顧客が多いストアでは、手数料体系の事前確認が必要です。

4. 高月商になると他サービスの方が安い場合がある

月商が非常に大きくなった場合（数千万円規模以上）、Shopify Paymentsよりも専業の決済代行サービスとの直接契約の方が実質コストが低くなるケースもあります。月商の成長に合わせて定期的に費用を見直しましょう。

設定方法（ステップ別ガイド）

Shopify Paymentsの設定は管理画面から数ステップで完了します。

ステップ1：ストア通貨を日本円に設定する

Shopify管理画面の「設定」→「一般」→「通貨」から日本円（JPY）を選択します。

ステップ2：Shopify Paymentsを有効化する

「設定」→「決済」→「クレジットカード」の項目から「Shopify Paymentsを使用する」を選択します。

ステップ3：ビジネス情報を入力する

事業形態（法人 / 個人事業主）、屋号または会社名、住所、代表者情報などを入力します。

ステップ4：銀行口座を登録する

売上の入金先となる日本国内の銀行口座（普通預金）を登録します。法人の場合は屋号または会社名義の口座が推奨されます。

ステップ5：設定を保存して有効化

入力内容を確認して保存すると、Shopify Paymentsが有効になります。テスト注文機能を使って決済が正常に動作することを確認しましょう。

サードパーティ決済との比較・使い分け

Shopify Paymentsを使わず、外部の決済代行サービスを使う選択肢もあります。代表的な比較ポイントを整理します。

比較項目	Shopify Payments	サードパーティ決済（例：Stripe等）
外部決済取引手数料	不要	発生する（プランにより異なる）
管理画面の一元化	可能	別途ダッシュボードが必要
利用できる業種	一部制限あり	サービスにより異なる
銀行振込・コンビニ払い	対応可能（Shopify管理画面よりKOMOJUなどの決済プロバイダーを連携することで利用可能）	サービスにより対応可
コンビニ・後払い連携	別途アプリ連携が必要	一部対応サービスあり

銀行振込やコンビニ払い、後払い（NP後払い等）を追加したい場合は、Shopify Paymentsと別の決済サービスを併用することができます。Shopifyは複数の決済プロバイダーを同時に有効化できるため、主要カード決済はShopify Paymentsで処理しつつ、コンビニ払いは別サービスで対応するという構成が一般的です。